在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

研究探讨结局

1、从光敏陪养细胞核中提炼DNA热塑球蛋白质含量

为了更好地离心力分离光热塑球膳食纤维-DNA黏结物使用LC-MS解析，小说家联合开发一个多种变形纯化策划方案，可从DNA中的还原非是热塑球膳食纤维，仅在阳光照射时经由随时基因遗传组玩聚集DNA热塑球膳食纤维。用TRIZOL导入复染质并的还原被抓获的非热塑球核氨基酸，之后将其继续充分均匀溶解以开始RNase转化。经由超声波裁切应纳税所得额球膳食纤维热塑DNA的导入物，在硫氰酸胍中高温变形，并在二氧化物硅离心力柱上剧烈地洗滌以的还原非是热塑球膳食纤维直接左右完工。经由核酸酶治理 从DNA中发出光热塑球核氨基酸，并开始胰球核氨基酸酶转化使用LC-MS解析。该技术排序为球膳食纤维热塑DNA导入或XDNAX。

图1.核蛋白质含量交连DNA领取或XDNAX流程步骤图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可单独接触性DNA的核高蛋白图谱

将光化学交联措施技术应用于MCF7生殖细胞系，知道了1,805种侯选人球球球蛋白酶，但其中1,191种现实存在于3个或大量次连续中。60%的DNA相护功能组包含核酸搭配的GO注脚，在匮乏核酸搭配注脚的球球球蛋白酶质中，最明显的业绩存在核纤层球球球蛋白酶，第二是进入染色法质结构和生殖细胞系裂开的球球球蛋白酶质（图2）。

图2 . 可会接处 DNA 的核脂肪酸（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3个人总结了DNA主动效应组所隐藏的球淀粉酶质含量-DNA工具栏下列关于分为的核苷酸热塑肽。这有鉴于（1）球状DNA构建机构域、（2）DNA 构建混乱区（IDR）和（3）鉴于与一些球淀粉酶质含量（列举组球淀粉酶构建球淀粉酶）、RNA（列举剪接细胞因子）或相剥离 区室（列举核仁球淀粉酶）主动效应而会造成的自然环境相当。

图3 . 可同时碰到 DNA的机构域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、降钙素原检测体细胞扰动期間与DNA结合实际的转录成分

雌雄皮质影响素多巴胺受体α（ESR1）驻留下胞质溶胶中，终究会中遇其配体，触及易位到受损血体细胞，在去哪里它与基因遗传组中的对应区域划分紧密联系以提高对应的转录程序流程图。将血清饥饿的MCF7受损血体细胞曝露于高用药量雌雄皮质影响素（10 nM 17β-雌二醇）4两小时，与模仿治疗的差表受损血体细胞是比较两者的DNA充分功效组（图4A）。里面，雌雄皮质影响素影响后DNA充分功效组中的ESR1加大了30倍（图4B）。总的并不是，在1,814个降钙素原检测的蛋清质-DNA充分功效中，约有9%现示出突破2倍的不错转变 ，并看到与ESR1极具充分功效的蛋清如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌荷尔蒙办理乳线癌血细胞 DNA 间接效果组的酶联免疫法很（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

工作小结

设计到遗传基因遗传组的核血清酶酶质以学习它是应该如何被写入并付诸现实的，一种是教学科研人群是一个持续的完美追求。遗传基因遗传组可及性通常以DNA为核心的角度来展开设计，不过，到迄今结束结束，染料质抑菌凝胶中的些什么核血清酶酶质与DNA 时有发生物理化学上下级的使用尚不很清楚。动用零离光化学交联，可看见DNA上下级的使用组中的大绝大部分数核血清酶酶质，XDNAX技术应用将用作核血清酶酶质-DNA上下级的使用设计的巨大工具软件。

拜谱总结ppt

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的球营养物质组学、表达组学、分解组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

参考选取期刊论文：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.